No hemos encontrado ningún estudio que resuma la prehistoria del Territorio Histórico.
Probablemente la aproximación más importante sea la Carta Arqueológica de El Escorial realizada por Geanini Torres en 1991. Otros autores también han clarificado diversos aspectos mediante excavaciones e investigaciones realizadas en contextos determinados. Entre ellos hay que reconocer los trabajos de Mª Lourdes López Martínez, Jesús Martín Alonso, Jesús Jiménez Guijarro, etc.
Estas interpretaciones no ofrecen una visión territorial amplia y concreta, sino que se basan en testimonios que sustentan posibles interpretaciones susceptibles de cierta veracidad.
Los restos más antiguos que se han encontrado se remontan al inicio de la edad de los metales que en la Península Ibérica se remonta al 3000 a.e.c. (antes de la era común), momento en el que se inicia el período calcolítico , también conocido como edad del cobre. De este período se han encontrado numerosos restos arqueológicos dispersos por el municipio de El Escorial.
Los primeros vestigios de asentamientos humanos que se han encontrado datan de la época de los Vetones, durante el período de la prehistoria que conocemos como la Edad del Bronce, período intermedio de la Edad de los Metales.
Actualmente dos investigadores sostienen posturas contrarias. Por una parte, el arqueólogo Jesús María Jiménez Guijarro defiende que el Canto del Castrejón es una peña sagrada, un altar protohistórico, realizado por los vetones. Por otra, la arqueóloga y epigrafista, Alicia María Canto y de Gregorio en varios artículos y conferencias señala que Silla de Felipe II tiene sus orígenes en un altar prerromano para sacrificios donde se hacía culto al Marte vetón. En opinión de Jiménez Guijarro no sería concebible la existencia de dos altares tan próximos, además de que la inaccesibilidad de la Silla de Felipe II y la inexistencia de cazoletas y canales de desagüe en sus rocas hacen inviable su consideración como altar de los vetones.
Las culturas prehistóricas representadas en el territorio y sus yacimientos arqueológicos, correspondientes, son los que se enumeran a continuación:
- Edad de Piedra. No se han encontrado yacimientos.
- Edad de los Metales
- Edad del Cobre (Calcolítico)
- Túmulo del Rincón II (EE – ES20) – Calcolítico
- Nava del Rincón (EE- ES21) – Calcolítico
- Dolmen del Rincón (EE-ES22) – Calcolítico
- Túmulo de las Zorreras (EE-ES23) – Calcolítico
- Túmulo y Menhir de la Atalaya (EE-24) – Calcolítico
- El Dehesón (EE-25) – Calcolítico/ Bronce inicial
- Las Eras – Prado de las Eras (EE-ES33) – Calcolítico / Indeterminado prehistórico
- El Segundo Paso (EE-ES30) – Calcolítico / Bronce antiguo
- El Mirador – Las Casas del Mirador (EE-ES31) – Calcolítico / Bronce antiguo
- Los Cobertizos -Las Zorreras (EE-ES34) – Calcolítico o Bronce
- Los Cierros de la Asunción (EE-ES35) – Calcolítico / Bronce inicial
- Yacimiento de las Zorreras (EE-ES15) -Calcolítico, Bronce, Hierro II, Romano, Altomedieval
- Edad del Bronce
- Silla de Felipe II (SLE)
- El Castrejón – Laguna del Castrejón (EE-ES28) – Bronce Antiguo
- Edad del Hierro
- Yacimiento de las Navazuelas – Conjunto rupestre (EE-ES19) – Hierro I, indeterminado prehistórico
- Canto del Castrejón (EE-ES26) – Hierro II. Época moderna
- Prado de los Reyes (EE-ES29) – Edad del hierro
- Época romana
- Los Lavajos (EE-ES27) – Época romana
- Las Radas – Las Radas del tercio (EE-ES32) – Época romana
- Edad del Cobre (Calcolítico)
Casi la totalidad de los restos arqueológicos descritos se encuentran en el municipio de El Escorial cuyo ayuntamiento los ha incluido dentro del documento denominado «Modificación y adaptación a la Ley 3/2013 de Patrimonio Histórico de la Comunidad de Madrid del Catálogo de Espacios y Bienes Protegidos de las Normas Subsidiarias del Ayuntamiento de El Escorial«, si bien en la web de transparencia, a fecha de 19/11/2023, no consta que se hayan producido dichas modificaciones.