La protohistoria es el período de transición entre la Prehistoria y la historia antigua que se aplica a las sociedades que, sin tener una escritura propia o que empiezan a desarrollarla con un uso limitado, nos son conocidas por las fuentes escritas de otros pueblos contemporáneos que ya las tienen consolidadas.
En la Península Ibérica coincide básicamente con la Edad del Hierro y, más concretamente, en su zona interior con la segunda etapa, en la que se intensifican los contactos que se producen durante el proceso de romanización.
Si analizamos el mapa de los principales yacimientos arqueológicos de la Segunda Edad del Hierro, elaborado en 2014 por María Sánchez Agustí, para el Atlas Nacional de España del Instituto Geográfico Nacional, apreciamos cómo el ámbito del Territorio histórico de Felipe II queda en un espacio intermedio entre los territorios carpetanos y vetones, cuyos límites, además de ser difícilmente identificables, muy probablemente hayan sido afectados por procesos de contracción y expansión a lo largo de los siglos.
No en vano, Juan Pereira Sieso afirma que «El límite más evidente del área carpetana es el que encontramos en su sector occidental, en concreto en la zona de contacto con los vettones que se convirtió en el límite entre las provincias lusitana y tarraconense en época romana” y que “El Sistema Central con sus puertos y collados que permiten la existencia de circuitos de comunicación con la Meseta Norte, configura los límites septentrionales del territorio carpetano”. Sin embargo no parece que la zona tenga una adscripción estricta al ámbito carpetano o al ámbito vettón, puesto que el mismo autor asegura que “Sin embargo, el hallazgo de elementos específicos de la cultura vettona como los verracos dentro de lo que se considera como territorio carpetano muestran la permeabilidad de esta frontera» (Pereira Sieso, J; 2011).
En el municipio de El Escorial se encuentran cuatro localizaciones correspondientes a este período. El yacimiento de las Zorreras (EE-ES15), que mencionamos por albergar restos desde el período calcolítico (López Martínez, L y Martín Alonso, J); el Prado de los Reyes (EE-ES29) datado de forma genérica en la Edad del Hierro (Geanini Torres, A.; 1991):, el Conjunto Rupestre de las Navazuelas (EE-ES19) perteneciente al Hierro I – indeterminado prehistórico (Jiménez Guijarro, J.; 2004), y el Canto del Castrejón (EE-ES26) perteneciente al Hierro II (Jiménez Guijarro, J.;2004). En San Lorenzo de El Escorial, se alude a la Silla de Felipe II (Canto y de Gregorio A.M; 1999, 2005 y 2008).
De todos ellos el más importante es el Yacimiento de las Zorreras que muy probablemente sea el yacimiento carpetano más importante de la región madrileña. Con más de 60 hectáreas se encuentra situado en un lugar de gran visibilidad, próximo al río Guadarrama con abundancia de pastos y minas de cobre donde se han documentado restos de cabañas, un foso defensivo, varios silos y otros elementos de gran interés.
Por otra parte, dos especialistas en arqueología se decantan por adscribir esta zona al ámbito vetón. Jesús María Jiménez Guijarro defiende que el Canto del Castrejón es una peña sagrada, un altar protohistórico, realizado por los vetones. Alicia María Canto y de Gregorio en varios artículos no científicos señala que Silla de Felipe II tiene sus orígenes en un altar prerromano para sacrificios donde probablemente se hacía culto al Marte vetón.
No obstante, en opinión de Jiménez Guijarro, sería inviable considerar la Silla de Felipe II como altar de los vetones porque no sería concebible la existencia de dos altares tan próximos, por la ubicación de la Silla de Felipe II en un lugar difícilmente accesible y porque no se han encontrado restos de cazoletas y canales de desagüe en sus rocas características de estos altares.
En definitiva todo parece confirmar que la mayor parte del Territorio de Felipe II se encuentra en un zona ocupada por el pueblo carpetano carpetanos, cuyos límites eran difusos y permeables, sobre todo en las zonas montañosas que estaban sujetas a las influencias de los vetones, cuyo ámbito territorial se situaba al norte del la Sierra Central.