El Territorio Histórico de Felipe Segundo está afectado por la Ordenación de los Recursos Naturales de la Sierra de Guadarrama, aprobada por el Decreto 96/2009, de 18 de noviembre, del Consejo de Gobierno, por el que se aprueba la ordenación de los recursos naturales de la Sierra de Guadarrama en el ámbito territorial de la Comunidad de Madrid.
Los documentos que se refieren a la Ordenación son los siguientes:
1.- Ordenación de los recursos naturales
3.- Anexo VII.1 mapas 31 a 67 (Territorio Histórico de Felipe Segundo: 55, 56, 57, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66 y 67
4.- Anexo VII.2 (Zonas de Reserva del Parque Nacional)
El documento de la ordenación establece directrices generales para la protección de los espacios diferenciados.
La ordenación diferencia los siguientes ámbitos:
1.- Área Reservada para Parque Nacional
a.- Zona de Reserva
b.- Zona de Máxima Protección
2.- Área reservada para Parque
a.- Zona de Conservación y Mantenimiento de Usos Tradicionales
b.- Zona de Aprovechamiento Ordenado de los Recursos Naturales
c.- Zona de Asentamientos Tradicionales
d.- Áreas de Planeamiento Urbanístico
3.- Área Reservada para Paisaje Protegido
4.- Zona de la Cerca Histórica de Felipe II
5.- Zona especial
6.- Zona de transición
Los municipios de El Escorial y San Lorenzo de El Escorial no forman parte del Parque Nacional de la Sierra de Guadarrama, aunque están afectados por la Ordenación que afecta a la periferia de este, concretamente mediante la normativa sobre el Área reservada para Paisaje Protegido (que incluye la parte del Territorio Histórico de Felipe Segundo que coincide con la zona montañosa), la Zona de la Cerca Histórica de Felipe II (incompleta como se deduce de lo expresado anteriormente) , y una parte de la Zona de Transición (que coincide con el casco urbano de San Lorenzo de El Escorial y las urbanizaciones de Felipe II y la Pizarra y que excluye el casco urbano de El Escorial y sus urbanizaciones en los parajes de El Roble, Navalquejigo, Las Zorreras, San Ignacio y el Cierro)
El Área reservada para Paisaje Protegido «se extiende desde el Alto del León hasta las proximidades del casco urbano de Santa María de la Alameda, incluyendo la vertiente madrileña de la sierra hasta San Lorenzo de El Escorial y remontándola hacia la paramera abulense al llegar al primer término municipal mencionado. Se trata de una zona de tamaño intermedio en la que a sus importantes valores naturales hay que añadir otros paisajísticos, estéticos, históricos y culturales no menos destacables, por lo que la figura que se plantea parece particularmente adecuada. Una vez declarado el futuro Paisaje Protegido, este sustituirá, a efectos de protección, al primitivo Paraje Pintoresco del Pinar de Abantos y Zona de la Herrería que incluye».
La Zona de la Cerca Histórica de Felipe II está «constituida por la superficie del Territorio Histórico y su entorno definidos en el Decreto 52/2006, de 15 de junio, por el que se declara Bien de Interés Cultural, en la categoría de territorio histórico, el Real Sitio de San Lorenzo de El Escorial constituido por el ámbito delimitado por la Cerca Histórica de Felipe II; salvo aquellas áreas de dicha superficie incluidas en el área reservada para PAisaje Protegido y las zonas de transición Se extiende principalmente al este y noreste de los términos municipales de El Escorial y de San Lorenzo de El Escorial, incluyendo el núcleo urbano de El Escorial y parajes como El Campillo, Las Zorreras, Los Arroyos, La Fresneda o La Granjilla; y al norte del núcleo urbano de Zarzalejo, en el entorno de las Machotas y del Puerto de la Cruz Verde hasta el Pico San Benito. En esta zona se presentan, junto a áreas urbanizadas como el citado núcleo urbano y urbanizaciones como Las Zorreras o Los Arroyos, otras áreas desnaturalizadas por la incidencia de la autopista A6 y aquellas ocupadas por pastizales o distintas formaciones vegetales adehesadas y con zonas encharcadas o pequeños embalses en el piedemonte de la sierra y formaciones de rebollo, enebro y matorral en la laderas de las Machotas con una topografía más abrupta.
Todo ello ubicado en un territorio cuyos valores históricos y culturales han motivado su declaración como Bien de Interés Cultural y la dotación de un régimen de usos, conservación y criterios de actuación».
Los territorios englobados en las Zonas de transición, ubicadas en los niveles altitudinales inferiores del ámbito de ordenación, se distribuyen en las cuatro porciones disyuntas, «la primera de ellas, la más meridional, coincide con el casco urbano y el entorno inmediato de San Lorenzo de El Escorial, incluyendo una pequeña superficie muy próxima que corresponde a las urbanizaciones de La Pizarra y Felipe II».
«Se trata de áreas en las cuales todavía perviven elementos del paisaje rural tradicional, cuya calidad como marco de vida de las poblaciones y como patrimonio de la región es preciso conservar. Existe sin embargo un fuerte contraste entre el valor ambiental y la relativa naturalidad de las zonas susceptibles de ser incluidas en la propuesta de declaración del futuro Parque Nacional o en su Zona Periférica de Protección y la situación de unos territorios como los englobados en estas Zonas de Transición, mucho más alterados y humanizados.
Por consiguiente, aunque no exista adecuación del territorio a figuras específicas de protección, se procurará preservar sus calidades y sus valores paisajísticos. El presente PORN ha delimitado y caracterizado estas áreas con el ánimo de constituirse en una directriz de planeamiento que garantice su preservación, evitando un urbanismo
desordenado, masivo o perturbador del difícil equilibrio actual. Para ello, tanto en las normas generales del ámbito de ordenación que figuran en el apartado 4 como en la normativa particular correspondiente a estos espacios que se recoge en el apartado 5.5.2 se han incluido algunos preceptos que regulan la ordenación del territorio en ellos.»